Der BDKJ ist der Dachverband für die in ihm zusammengeschlossenen katholischen Jugendverbände, welche selbständig sind. Je nach Zielsetzung gehören ihnen Kinder, Jugendliche und junge Erwachsene als Mitglieder an. Die Jugendverbände beschließen in eigener Zuständigkeit und Verantwortung die Inhalte, Ziele und Strukturen ihres jeweiligen Verbandes, haben eigene Satzungen und Leitungsgremien.
Der BDKJ Kreisverband Niederbayern Süd ist ein Kreisverband des BDKJ Diözesanverbands Regensburg und besteht aus vier Mitgliedsverbänden in den Gebieten der Landkreise Dingolfing-Landau und Rottal-Inn, die zur Diözese Regensburg gehören.